Первая община францисканских монахов появилась в Болонье в 1211 году и ненадолго обосновалась при церкви Санта-Мария- делле-Пульоле. В 1222 г. Св. Франциск посетил Болонью и после проповеди на Пьяцца Маджоре число его учеников увеличилось почти вдвое.
В 1236 г. Городское Управление Болоньи подарило францисканской общине землю в окрестностях ворот Порта Стиера. Именно здесь началось строительство первой итальянской базилики, посвященной Св. Франциску Ассизскому. Папа Иннокентий IV освятил апсиду этой прекрасной церкви в 1251 г. Престол был обновлен в 1388-1393 гг. Скульпторы братья Якопо и Пьер Паоло Мазенье из Венето украсили его мраморным резным алтарем.

Основной архитектурный план базилики Св. Франциска (построенной в 1263 г.) остался неизменным во все века: восточная часть базилики включает в себя апсиду, окруженную девятью капеллами; к южной части здания церкви примыкает монастырский комплекс, состоящий из двух внутренних двориков и двух трапезных.

Облик архитектурного ансамбля строг и прост. У северной стены северного нефа расположена гробница папы Александра V, скончавшегося в Болонье в 1410 г.

Подобно базилике Св. Доминика, в церкви Св. Франциска находятся гробницы знаменитых болонских юристов и толкователей законов, которые завещали похоронить себя на освященной монастырской земле. Рядом с алтарной частью церкви возведены три грандиозные гробницы, где покоится прах Франческо д’Аккурсио, Одофредо Денари и Роландино де Романци. Церковь украшена двумя высокими колокольнями: меньшая из них была возведена в 1260 г, а большая (незавершенная) была спроектирована и построена архитектором Антонио ди Винченцо в 1397 г. В том же году ди Винченцо построил капеллу, пренадлежавшую семье Муццарелли.

В 1796 г., когда наполеоновские войска захватили Болонью, монастырь был разграблен, осквернен и приспособлен под казарму. Базилика Св. Франциска была снова открыта для культовых служб только в 1842 г., но всего лишь на нескольких лет; позже ее использовали под склад. В 1886 г. францисканским монахам удалось вернуть себе только часть монастыря. В начале XX в. монахи постарались придать зданиям первоначальный облик. Работы по восстановлению монастырского комплекса возглавил архитектор Альфонсо Руббиани.
Во время Второй Мировой войны базилика подверглась жестоким бомбардировкам, нанесшим огромный урон древним постройкам. К счастью, уже в 1949 г. Городское Управление приступило к восстанавлению церкви, чтобы вернуть ей былое великолепие.

Карта